Es una serie de misterio, crimenes y amor.

La historia es acerca de un estudiante de escuela secundaria, Shinichi Kudo, el detective juvenil más famoso de Japón. Un día invita a su amiga de infancia, Ran Mouri, a un parque de atracciones. Allí tiene lugar un asesinato y, después de ser resuelto, Shinichi sigue a dos extraños hombres vestidos de negro que estaban relacionados con el caso. Esos hombres, tras darse cuenta de que los estaban vigilando, golpean y drogan a Shinichi con una pastilla que, en teoría, lo llevaría a su muerte, llamada APTX 4869. Pero esa pastilla tiene unos raros efectos secundarios: en vez de matar, encoge. Entonces, Shinichi Kudo se convierte en un niño de 7 años, y para que nadie sepa quien es decide cambiar su nombre por el de Conan Edogawa. Decide ir a vivir a la casa de Ran, diciendo ser un pariente del profesor Agasa, un aciano inventor amigo de Shinichi, ya que su padre es detective, y por medio de él podría lograr encontrar a esa organización. Nadie a parte del dr. Agasa sabe el secreto de Shinichi. Mas tarde lo descubren sus padres, Heiji Hattori, Kaito Kid, Ai Haibara (miembro de la organización e inventora de la APTX, pero traidora), Vermouth (membro de los hombres de negro) y Eisuke Hondou.